如果肛门流脓伴有疼痛，往往是肛窦炎或直肠黏膜下脓肿。

不疼的话可能是直肠炎，包括溃疡性结肠炎，像是脓性分泌物，脓血，其实不是脓血。

所以视具体情况而定，一般可以通过肛门指诊和肛门内镜进行初步判断。

如果有必要，可以进一步考虑肠镜，看到整个大肠。

如果确实是化脓，一般来说局限于肛管或直肠，特别是肛管下部和直肠末端。一般通过肛门内镜和肛门指诊基本可以做出诊断。