早上起床后腰疼的原因如下:

1.可能是晚上睡觉姿势不正确，着凉等原因造成的。可以适当运动，注意背部保暖，疼痛症状可能会减轻。

2.如果疼痛剧烈，伴有胸闷，休息后也没有缓解，建议及时去医院完善心电图等检查，观察心肌缺血情况，及时对症治疗。

3.在免疫系统疾病中，如类风湿性关节炎、强直性脊柱炎等疾病，早上起床时会出现晨僵，表现为关节疼痛，一般持续一小时左右。建议进一步完善免疫系统和腰椎磁共振检查。