肛瘘的病因与肛管内齿线附近的肛隐窝长期感染有关。具体原因如下:

首先，部分患者由于生理解剖因素，肛窦较深。特别是当患者近期出现腹泻，或长期反复发作肛窦炎时，肛窦处于持续感染状态。感染加重后会导致局部感染，呈进一步扩大的趋势，从而形成早期肛周脓肿。

其次，当肛周脓肿患者不重视或不积极治疗时，局部脓肿腔会破裂，在肛门局部皮肤外形成外口，导致溃烂、流脓或出血，从而进一步形成肛瘘。肛瘘形成后，患者会出现局部肛外口、间歇性脓血或刺痛、瘙痒。

另外，经当地专科检查确诊为肛瘘后，患者需要尽快进行肛瘘切除术。