临床表现多样，一般与其他兼性革兰阴性杆菌相似。可表现为皮肤、软组织、呼吸道、泌尿道、中枢神经系统、胃肠道等器官的感染。

1.脓毒症多发生于老年人或新生儿，有时伴有其他细菌的混合感染。成人和儿童常伴有发热和寒战。患者有不同类型的发热，如漏热、间歇热和松弛热。可能伴有低血压或休克。大多数患者表现为白细胞增多，少数患者表现为白细胞减少。偶尔有血小板减少、出血、黄疸和弥散性血管内凝血的报道。大多同时有皮肤症状，如紫癜、出血性水疱、脓疱疮等。

2.下呼吸道感染患者一般都有严重的基础疾病，尤其是慢性阻塞性肺疾病和支气管肺癌。感染者常使用抗生素，且常因各种因素导致免疫能力低下，如免疫抑制剂的使用、激素应用、化疗和放疗等。诱发因素:呼吸机最常见，其他还有气管切开、气管插管、胸腔穿刺、动静脉插管、导尿、全身麻醉等。可能发热甚至高烧，咳痰多。痰液可呈白色、脓性或血丝状，但老年人很少甚至没有症状。可能会出现气短和心动过速。感染可表现为支气管炎、肺炎、肺脓肿和胸腔积液。休克和转移病灶是罕见的。x线表现不同，可能是大叶性、支气管炎性、间质性或混合性，也可能是单叶、多叶或弥漫性双侧病变等。

3.伤口感染常见于烧伤和手术切口。随着各种手术的开展，细菌感染几乎无处不在，尤其是胸骨纵隔和脊柱后部。

4.社区常见的软组织感染形式，如指甲下血肿、跌倒后软组织感染等。

5.在静脉吸毒者、人工瓣膜手术后的患者和心脏手术后的患者中，心内膜炎的风险最高。

6.腹部感染是由这种细菌的迁移或肠穿孔到达腹膜或其他器官引起的。目前，该菌在胃肠道感染，尤其是肝移植相关感染中的应用越来越受到重视。如其他肝气性坏疽、急性气肿性胆囊炎和逆行胰胆管造影术后败血症、胆结石沉积引起的急性化脓性胆管炎伴间歇性梗阻、无腹水或穿孔的小肠梗阻继发腹膜炎等。

7.从无症状的细菌性尿液到肾盂肾炎，均有尿路感染的报道。

8.中枢神经系统感染阴沟肠杆菌可引起脑膜炎、脑室炎、脑脓肿等。

9.眼睛感染。眼部手术是常见诱因，白内障手术多在老年人中进行，因此成为此类感染的常见原因。

根据临床表现和各系统实验室检查，可判断感染部位，诊断依据阴沟肠杆菌培养。需要注意的是，免疫力低下的患者感染的临床表现不典型。阴沟肠杆菌感染应与其他革兰阴性杆菌相鉴别，阴沟肠杆菌应通过培养或涂片检测进行诊断。