肛瘘手术后，肛门瘙痒可能由以下三种情况引起:

第一，因为手术后切口没有愈合，伤口在愈合过程中会长出新的肉芽，会有轻微的瘙痒，这是手术后的正常表现。

第二，可能是因为手术后，肛门内会分泌更多的分泌物，刺激肛门周围的皮肤，引起瘙痒。严重者可形成湿疹，可用外用药改善瘙痒。

第三，也有可能是术后肛门括约肌松弛，肠道内的粘液流出肛门，刺激肛门皮肤，引起瘙痒。