支气管肺囊肿需要与以下疾病相鉴别:

1.获得性肺囊虫。细菌性肺炎时，肺组织的支架结构断裂，支气管末端阻塞，引起肺囊虫。先天性和后天性肺囊肿(肺气肿和炎症后肺气肿)都是薄壁、中空囊状，X线很难区分。但肺气肿肺大疱常伴有周围肺组织的肺气肿，而感染性肺气肿往往有明确的肺部感染史，病情发展迅速，临床表现变化多。肺大疱壁薄，边缘模糊，多位于肺部内部，最终可治愈吸收。

2.肺脓肿腔先天性肺囊肿伴感染，临床上高热、咳痰甚至咯血与肺脓肿十分相似。X线片上，病灶内有液平面，周围有炎性浸润，也与肺脓肿相似，不同的是肺脓肿壁较厚。周围炎症浸润较重，腔内液体一般较多，形态不规则。通常发生在上叶和下叶的后段。炎症消退后，不留痕迹，但囊肿感染治愈后，囊肿的环状阴影依然存在。支气管造影显示支气管扩张、弯曲和狭窄。

3.结核性净化腔结核性净化腔也可以是薄壁腔，形似囊肿。内壁也可覆盖上皮组织，但囊壁不含软骨、腺体和平滑肌组织。碳尘沉积很常见，经常发生在上叶。周围常有结核浸润影，附近有卫星灶。临床上可出现低热、乏力、消瘦等结核中毒症状。

4.先天性膈疝:先天性肺囊肿在X线胸片上，尤其是左肺下叶的多个圆形透明影像，与先天性膈疝非常相似，临床上也有不少误开腹的病例。鉴别要点是先天性膈疝的环状透明影像是连续的，影像随肠蠕动不断变化。体检中常可听到肠鸣音，有时伴有腹痛等腹部症状。肺囊肿的先天性环状阴影由膈隔开，与腹部阴影不连续，形状大小基本固定不变。临床上偶尔听到湿？声音。

5.肺隔离症好发于肺下叶的后基底段，是一个或多个圆形或椭圆形囊肿的阴影。与支气管相通时，可见液面。其胸片基本符合肺囊肿，术前难以鉴别。然而，孤立的肺动脉来自降主动脉。只有做降主动脉造影，才能看到有动脉分支进入囊肿，或者术中从体循环找到动脉，才能明确诊断。

6.纵隔肿瘤支气管囊肿常发生在气管旁、隆突下、肺门处，应与纵隔肿瘤、肿大淋巴结相混淆。支气管囊肿边界清晰、光滑、无毛刺、密度均匀、极少分叶，是鉴别诊断的关键。

7.食管囊肿食管囊肿和支气管囊肿都是由于前肠发育异常引起的，所以常统称为前肠囊肿。食管囊肿多位于后纵隔食管附近，腔内壁被鳞状上皮覆盖。囊壁含有骨骼肌，但没有软骨。此外，张力性气囊肿应与气胸相鉴别。