室间隔缺损根据部位和直径不同，预后也不同。

根据位置不同，室间隔缺损可分为干下型室间隔缺损、膜周型室间隔缺损、肌型室间隔缺损和流入型室间隔缺损。肌部室间隔缺损和膜周部室间隔缺损更容易自愈，而干下部室间隔缺损基本不能自愈。

自愈还与室间隔缺损的大小密切相关。缺损直径小于3 mm及以下的室间隔缺损自愈的可能性相对较高；直径超过3 mm甚至超过5 mm的室间隔缺损，一般是无法自愈的。

此外，自愈还与年龄有关。大多数室间隔缺损在3岁以内自愈，超过3岁室间隔缺损自愈的可能性会变得很小。