尽管在葡萄球菌感染后可发生各种随后的免疫反应，并且已尝试制造免疫制剂如葡萄球菌疫苗和葡萄球菌类毒素，但迄今为止，尚未证明任何免疫预防措施是有效的。

有人主张治疗携带者。用鼻咽拭子取样后，培养结果阳性者可口服利福平0.45~0.6g，每日一次，连续5天。或与其他敏感抗菌药物联用，可明显减少葡萄球菌感染。6 ~ 12周后，根据个人具体情况，必要时重复一个疗程。也有将抗生素如杆菌肽或新霉素滴鼻剂、莫匹罗星或杆菌肽软膏用于鼻前庭局部治疗的报道。

医务人员应严格无菌操作，消毒隔离病房，接触每位患者后洗手。

葡萄球菌感染人群，尤其是医院感染耐药菌株的人群，应进行隔离，阻断传染源和感染途径。相关医务人员应同时进行鼻咽拭子培养。如果培养出同类型的细菌，医护人员也应该是医院内葡萄球菌感染相关的携带者。如果有必要，他们应该换工作。