本病的临床表现、常规脑脊液和影像学特征与结核性脑膜炎十分相似，两者的鉴别依赖于病原学证据。此外，还应与病毒性脑炎、脑脓肿、颅内肿瘤、脑囊虫病(囊虫病)相鉴别。

其他脑真菌病包括曲霉病和毛霉菌病，也应加以鉴别。

1.曲霉病是由曲霉病引起的一组慢性真菌病。曲霉作为一种条件致病菌，广泛存在于自然界和人体皮肤黏膜表面。本病起病慢性或亚急性，少数免疫力严重低下者可急性起病，主要表现为脑脓肿引起的颅内占位性病变，常伴有发热、头痛、恶心、呕吐和癫痫发作。此外，根据感染途径和脓肿形成部位的不同，有不同的病灶症状，如偏瘫、失语、共济失调、精神障碍、视野缺损等。，严重者可死于脑疝。

CT或MRI常显示单发或多发脑脓肿、脑梗塞、出血性梗塞等改变。菌丝和孢子可通过直接涂片或培养分泌物如痰、鼻涕、脓等找到。在原发感染部位，但它们不能作为诊断的依据，因为通常在这些部位可发现曲霉菌寄生。PCR检测血清或脑脊液中的曲霉菌DNA对早期诊断具有重要意义。病理检查表明，病组织的菌丝和孢子对诊断最有意义。

2.毛霉菌病是一种由毛霉菌引起的罕见而致命的真菌疾病。主要侵犯鼻、脑、肺、胃肠道、皮肤，严重时可通过血液循环扩散至全身，其中以脑毛滴虫病最为常见。糖尿病酸中毒是主要诱发因素，其次是免疫缺陷疾病患者、大量使用抗生素、免疫抑制药物、器官移植等。感染常起源于鼻甲、鼻窦或咽部，引起蜂窝组织炎，并进一步侵犯眼眶至脑和脑膜；也可以侵入局部血管，通过颈内动脉到达大脑。

这种细菌一旦侵入大脑，就会迅速引起脑炎和脑膜炎。大多数病例是急性的，少数病例是亚急性或慢性的。早期症状为鼻塞、头痛等鼻窦炎样症状，随后出现发热、单侧面部肿痛、鼻腔有暗红色分泌物。眼睛受到侵袭会引起眼睑水肿、眼球突出和活动受限、瞳孔放大、视力下降甚至失明。常累及脑神经，尤其是第五、第七脑神经，伴有周围性面瘫、面部麻木和角膜反射消失。动脉血栓可引起偏瘫、失语等。，其中一些人有脑膜刺激症、头痛、呕吐和意识障碍。大部分死于晚期颅内压增高脑疝。

CT或MRI显示脑脓肿、脑梗塞、鼻窦混浊、骨质破坏及少量脑出血。毛霉菌可通过直接涂片镜检或培养感染部位分泌物如脓液和鼻血找到。组织病理学在寻找病原体方面最有诊断意义。