低位单纯性肛瘘一般占70%-80%，此类患者手术后遗症相对较少。但是，每个患者的后遗症是不一样的。有的患者对疤痕反应大，有的患者有瘙痒，会留下瘙痒的后遗症。

如果是复杂性肛瘘患者，瘘口多，疤痕厚，会影响肛门的弹性，肛门的弹性会影响肛门的收缩性。如果没有关紧，就会出现漏气漏液的情况。

高危肛瘘，如果伤口很大，会出现肛门畸形，比如肛门缺损，也会造成漏气漏液。常见的后遗症是缺损、直肠黏膜受损、便血、反复感染。

疤痕挛缩引起的肛门畸形和桥疤，如肛门一处与另一处连接引起的桥愈合，也影响肛门的功能。