肝胆管结石的形成有多种原因。

肝胆管结石的主要成分是胆红素钙结石，因此其形成与胆道感染密切相关。胆道细菌感染时，细菌会分泌各种酶，使胆红素钙过于饱和，然后与胆汁中的其他物质结合形成结石。

此外，遗传因素、环境因素、饮食不良等都可能影响胆红素钙的代谢，从而诱发肝内胆管结石。其中，高脂肪低蛋白质饮食会增加胆汁淤积或细菌感染的概率。

除上述原因外，胆管畸形或病变也可能引起肝内胆管结石。