随着颅骨的进一步发育，病变向硬膜外扩散。当炎症穿透硬脑膜时，结核分枝杆菌侵入颅骨，引起颅内并发症。最常见的是结核性脑膜炎和颅内结核瘤，两者均可加重病情，危及患者生命。合并结核性脑膜炎时，患者突然出现剧烈头痛、喷射性呕吐、高热、体温39℃以上、抽搐、昏迷。体格检查显示强颈和阳性Kernig征。外周血检查显示白细胞可达15×109/L ~ 20×109/L(15000 ~ 20000/mm3)，尤其是淋巴细胞。血沉加速，可达20 ~ 30 mm/h以上，腰椎穿刺检查时，脑脊液压力明显升高，达2.45kPa(250mmH2O)以上。脑脊液轻度混浊，呈毛玻璃样。静置几个小时后，可以形成一层薄膜。白细胞常低于0.5×109/L(500/mm3)，以淋巴细胞为主，糖和氯化物含量下降，而蛋白质含量明显升高。脑脊液涂片染色镜检有时可发现结核分枝杆菌，动物接种可发现阳性结果。此时应降温、抗癫痫药物、静脉输注20%甘露醇250 ml每日3 ~ 4次、降低颅内压及每日服用地塞米松20 mg。每3～5天鞘内注射头孢曲松40毫克和地塞米松5毫克。颅内结核瘤并发时表现为进行性颅内高压和颅内占位性病变的症状和体征。CT和MRI检查可显示圆形或椭圆形均匀高密度或混合密度区，脑室受压变形，中线结构向对侧移位，从而明确病变的部位和范围。局部病灶清除前或清除后，可先给予抗结核药物和降颅内压药物，待伤口愈合后颅内间隙占位仍无改善时，再行开颅手术。如果原伤口尚未愈合，颅内病变加重，可以先钻颅取脓。如需开颅，应尽量避开原伤口进行开颅手术，或临时进行颞下减压缓解病情。如果早期彻底切除颅骨结核，将颅骨咬掉，术后只留下颅骨缺损。但如果并发脑膜炎，容易引起颅底池和脑表面蛛网膜粘连。即使炎症得到控制，癫痫和交通性或阻塞性脑积水往往会被遗留下来。结核菌切除术后还会留下一些神经功能障碍。