目前，没有足够的信息提供一个公认的标准来区分正常尿路真菌群和真菌感染。

1.通常判断尿路真菌感染的界限是:导尿进行真菌定量培养≥10000个/ml菌落计数，往往是真菌性尿路感染。但如果新鲜导尿标本无沉淀的10个视野中平均有1 ~ 3个真菌/HP，则相当于菌落数≥10000个/ml，具有诊断意义，其准确率为80%。真菌在常温下分裂繁殖缓慢，分裂期一般在5h以上，因此尿液可以长期保存而不增加真菌数量。

2.舍内贝克认为，在男性清洁的中段尿样本或女性导尿样本中，任何真菌培养阳性都意味着尿路真菌感染。念珠菌以酵母和真菌菌丝体的形式存在于尿液中。有人认为真菌丝的存在就意味着入侵，但仍有争议。血清抗念珠菌抗体(血清沉淀剂、凝集素等)的测定。)有助于诊断。肾念珠菌感染患者血清沉淀剂阳性率为83%，但有10%左右的假阳性。

3.真菌性尿路感染，可经血源播散或上行感染。如果感染仅局限于泌尿系统，则多为上行性，因此霉菌性阴道炎、肠道真菌感染容易伴有尿路真菌感染。

4.膀胱镜和经皮尿道活检有助于诊断。