中指关节疼痛的原因有很多，但常见的原因不外乎三大问题，即骨骼、肌腱和关节本身的问题。

首先，骨头的问题。如果手指疼痛来自骨骼，可能是骨骼中的病变，如内源性软骨瘤或骨囊肿，如果这些病变影响到指尖关节的关节面，就会引起关节疼痛。

其次，肌腱问题比较常见。对于年轻人来说，鼠标手、键盘手引起的肌腱炎会引起手指的关节痛。因为这些疼痛会累及周围组织，有时很难分辨是真的来自肌腱、指间关节，还是肌腱本身的炎症反应，累及关节囊，导致关节囊发生继发性炎症反应，从而引起疼痛。对于老年人来说，随着年龄的增长，肌腱炎引起的慢性炎症增生也会引起一些狭窄性腱鞘炎。

指尖关节本身的疼痛问题可能来自两个因素。第一个因素是退行性疾病，即指间关节的老化，这应该是一种原发性疾病。另一个很大的因素是指间关节的一些继发性疾病，如痛风或风湿性疾病引起的指间关节炎症反应和滑膜增生。