目前先天性巨结肠的手术是比较彻底的方法。为防止术后后遗症，以下情况较为常见:

首先，手术后肛门括约肌松弛，出现少量粪便，容易污染内裤。

其次，就是便秘。如果手术前有便秘，更容易发生，说明手术后无法排便，仍然无法正常恢复。

此外，先天性巨结肠、术后肠炎、术后肠炎也是由于先天性巨结肠术后肠缩短或刺激引起的。