软骨粘液样纤维瘤的鉴别诊断应从临床表现、X线表现和病理结构三方面进行。应与下列良性骨肿瘤相鉴别:

1.非骨化性纤维瘤位于脊柱，偏心，周围硬化明显，皮质骨轻度扩张。

2.良性软骨母细胞瘤常见于青少年，位于骨骺，偏心，透光率低。病灶内可见钙化点，无硬化边缘。

3.骨巨细胞瘤好发于20 ~ 40岁，位于长骨末端，多在骨骺，横向延伸，皮质肿胀明显，常无硬化周边。

4.骨囊肿常见于儿童和青少年。病变开始时多位于干骺端，随年龄增长发展至骨干，肿胀生长，透明度高，硬化边缘清晰。

在病理结构上易与软骨肉瘤、侵袭性内源性软骨瘤相混淆，应加以鉴别。该肿瘤具有软骨特征，因此应密切结合临床和X线表现进行诊断。