头孢菌素一般可以治疗肾盂肾炎，对杆菌和球菌感染引起的肾盂肾炎有较好的疗效。但是，在治疗过程中不应该滥用抗生素。应先做尿细菌学检查和药敏试验，然后选择敏感药物进行针对性治疗。治疗过程中要多补充水分，增加排尿量，从而冲洗尿道，让细菌更好的排出，病情也能恢复的更快。

除了头孢丙烯，喹诺酮类药物如左氧氟沙星和氧氟沙星也可用于治疗肾盂肾炎。都有很强的抗菌作用。但不良反应发生率也比较高，体质差、年龄大的患者慎用。

肾盂肾炎也可用青霉素类药物治疗，如阿莫西林，但部分患者用药后会出现皮肤红、痒、皮疹、发热等症状，所以用药前应做皮试。此外，抗真菌药物也可用于改善真菌感染引起的肾盂肾炎。常用的药物有氟康唑、酮康唑等。