肾结石和阴茎刺痛由以下因素引起:

1.阴茎炎症。患者患有肾结石并伴有阴茎炎症，此时致病菌会侵入阴茎内部，导致阴茎刺痛。

2.肾结石引起的阴茎刺痛。因为结石在向下排出的过程中可能会被堵塞，刮伤黏膜引起的反射，周围组织也会有牵涉痛。

3、石头移动造成的。因为肾结石容易下移，移到输尿管就造成梗阻，引起放射痛，到达腹股沟的阴茎。

根据以上情况分析，患者需要做常规肾结石和阴茎检查才能确诊。