血栓形成的最佳治疗时间取决于血栓形成的部位、急性或慢性血栓形成、原发性或继发性血栓形成。

临床上最忌讳的急性脑血栓的最佳治疗时间是发病后六小时内，因为这个时期的血栓比较新鲜，容易与药物发生相互作用，疗效较好。

上下肢动脉、肠系膜动脉等急性肢体血栓的最佳治疗时间也是六小时。此外，与脑组织相比，抗缺氧和肢体缺血的能力更好，因此即使在六至八小时后，仍可积极进行治疗。

静脉血栓形成的时间相对宽松，因为静脉血栓不会引起组织缺血。但是静脉血栓可能导致肺栓塞，所以原则上是越早越好，及时判断血栓。

慢性血栓形成需要根据患者的症状来判断，治疗前应选择最佳方案。