肛瘘术后可能复发。

肛瘘术后复发的原因是某些因素导致肛窦感染。感染继续破入黏膜下层形成脓肿，再破入形成肛瘘。

肛瘘手术后，如果不改变不良的生活习惯，以后其他部位还会再次出现肛瘘，甚至是原位。肛门周围约有12~16个肛窦，是常见肛周疾病的主要原因。

但因为是腺粘膜组织，所以比较脆弱。所以如果饮食不适当，包括精神紧张，很容易造成这个地方的感染和溃烂，然后就会出现肛周疾病的反复发作，特别是肛瘘和肛周脓肿。胃肠道不好，有炎症性肠病包括克罗恩病的人，更容易患肛周疾病。