上厕所后肛门疼痛有以下原因:

首先，肛裂，肛管与直肠位置的皮肤开裂，受粪便摩擦刺激，可出现刀割样或撕裂样疼痛。

其次是痔疮，如果痔疮里面内痔出来了，或者外痔有水肿，有血栓，有炎症，上完厕所就可以肛门疼痛。

再次，有化脓性疾病，如直肠黏膜下脓肿或肛周脓肿。由于粪便的刺激，肛门局部压力增大，如厕后也会出现肛门疼痛。

患者可以先去正规医疗机构的肛肠科进行治疗，主要通过药物治疗或手术治疗。