由于MOFE是许多不同疾病的共同归宿，而许多疾病在发展过程中也可能出现多器官损害，因此正确理解MOFE的概念在鉴别诊断中非常重要。虽然MOFE可以简单定义为“同时或相继发生的两个或两个以上器官或系统的功能障碍或衰竭”。但在实践中，这一定义存在以下缺陷:①无法将MOFE与其他类型的器官衰竭区分开来。就器官衰竭而言，许多病理状况都可能发生。在MOFE和MOF提出之前，多器官功能衰竭的诊断已经存在，如肝肾综合征、肝性脑病、肺性脑病和心源性肺水肿。此外，如果多发创伤暴力直接作用于多个器官，在患者死亡前或长期慢性病的器官功能失代偿时，可能出现多器官功能衰竭，但均不属于MOFE范畴。②过分强调器官衰竭不能反映MOFE的发生发展。如果强调以器官衰竭为诊断标准，那么当诊断成立时，患者存活的希望几乎为零。这种晚期诊断难以指导临床早期预防和治疗，也不利于发病机制的研究。③不能全面反映MOFE的临床特征。因为器官功能障碍只是MOFE的临床特征之一。此外，在MOFE的病程中，还表现出全身炎症反应综合征或代偿性抗炎反应综合征的特征，如全身炎症不受控制、免疫功能紊乱、高动力循环和持续高代谢等。根据20世纪90年代的最新知识，MOFE是SIRS的常见并发症，其发病机制尚不清楚。但很可能是创伤、休克、感染、炎症等应激引起的急性多系统或器官功能障碍，打击易感患者，导致全身炎症失控。MOFE的功能障碍意味着一个器官不能维持自身的功能，从而影响全身环境的稳定。

MOFE可分为原发性和继发性:①原发性MOFE是明确的生理损伤的直接结果。器官功能障碍是损伤本身造成的，所以早期就出现了。比如外伤的直接后果可引起肺挫伤、骨骼肌破坏、大量肌红蛋白引起的急性肾衰竭、多次输血引起的凝血功能障碍等。，产生了初级MOFE。然而，在原发性MOFE的发展过程中，全身炎症反应不如继发性MOFE显著。②继发性MOFE不同。不是原伤本身直接造成的，而是身体异常反应的结果。原发性损伤引起SIRS，而过度的全身炎症反应可在远处引起多器官功能障碍。因此，继发性MOFE和原发性损伤之间有一段间歇期。继发性MOFE容易并发感染。此时全身炎症反应和免疫功能紊乱是基础，全身感染是SIRS或CARS的后续过程。继发性MOFE是由SIRS或脓毒症的持续发展引起的最严重的后果之一。

多器官功能障碍综合征的鉴别诊断要点是:①多数患者发病前器官功能良好；②严重创伤、感染、休克等原发诱因；③具有全身炎症反应综合征的症状；④从初次发作到出现远处器官功能障碍，往往有数天或数周的间隔，衰竭的器官往往不是原发因素直接损害的器官；⑤除非病程发展到终末期，器官功能障碍和病变可以逆转，且一旦治愈，临床上不会复发或转为慢性病程。内科常见的慢性病终末期多器官衰竭、老年多器官衰竭、多器官功能衰竭，在病因上无关联，不属于多器官功能障碍综合征的范畴。

Deitch曾这样描述:(1)衰竭器官通常不直接来自原发损伤；②从原发性损伤到器官衰竭的时间间隔较长；③并非所有患者都有细菌学证据；④30%以上的患者临床和尸检未发现病变；⑤识别和治疗感染不一定能提高患者的生存率。这些表现反映了不受控制的全身炎症反应导致器官损害的特点，可以用来鉴别非MOFE概念中的某些器官衰竭。