支气管镜的主要副作用如下:

首先，它可能会引起误吸，因为有些患者可能会吞咽困难，甚至失去吞咽动作，因为使用了局麻药。

其次，可能会导致胃液回流到气管，引起肺部感染。

另外，很可能对身体造成伤害，因为在支气管镜的操作过程中，患者可能会出现明显的呛咳。

再者，支气管腔内可能会有出血，这也是由于手术过程中支气管壁受损，导致毛细血管破裂出血，造成血块堵塞气道，引起窒息。