1.类风湿性关节炎的关节炎甚至X线表现都与性质相似，因此Cecil曾将Reiter综合征列为类风湿性关节炎的临床异常。但一般来说，类风湿性关节炎不会同时出现尿道、结膜炎和皮肤黏膜损害。

2.强直性脊柱炎患者固有的慢性脊柱病变必须与强直性脊柱炎相鉴别，两者在眼部症状和X线表现上无明显差异。但如果有尿道炎，尤其是化脓性卡他性角化病的肩周炎病史，则支持Reiter综合征。

3.淋球菌性关节炎淋球菌性关节炎仅限于滑膜；它不侵犯关节，所以滑液淋球菌培养阴性，但尿道脓性分泌物培养阳性，而这一特征中找不到淋球菌。虽以环状龟头炎为特征，但不以包皮龟头炎和淋病尿道口肿胀为特征[13]。表现为皮肤损害和化脓性角化，淋病表现为血管性脓疱性皮肤病。

4.脓疱性银屑病和赖特综合征。皮肤化脓性角化病的临床和组织学特征非常相似。如果银屑病累及结膜，就比较混乱，但银屑病没有尿道炎和痢疾史。

5.白塞氏综合征雷特氏综合征有尿道炎和关节炎，而白塞氏综合征没有；内在的口腔和阴部病变是水泡破裂后的糜烂和结痂，而白塞氏病是深部溃疡。内在综合征很少发生在女性身上，而后者更常见于女性；内源性疾病在中国很少见，而白塞病并不少见。