肺部厌氧菌感染，尤其是吸入性肺炎，多由吸入引起。因此，应尽量减少误吸的风险。给虚弱、意识障碍、吞咽困难的病人喂食时要特别小心，适当抬高床边。当发现肉眼可见的误吸时，应立即快速排出或吸出气道内的内容物。必要时用纤维支气管镜清除气道内的食物残渣，以免堵塞支气管。此外，保持口腔卫生，积极治疗腹腔和盆腔化脓性感染，也可降低肺部厌氧菌感染的发生率。

肺部厌氧菌感染的预后取决于患者的一般情况、感染类型和及时治疗。高龄、全身衰竭、坏死性肺炎、支气管梗阻是预后不良的决定因素。

对于在吸入性肺炎阶段开始治疗的患者，3 ~ 4天即可显现效果，7 ~ 10天退烧。治疗7 ~ 10天后，发热持续。应进行纤维支气管镜检查以明确病因并实施引流。如果仍然失败，应考虑其他诊断和其他抗生素。如果发生空洞损伤，往往需要几个月才能吸收和闭合。如果空洞直径大于6cm，空洞难以闭合，治疗8周后症状往往消失。如果出现脓胸，即使在有效引流下，平均也要29天才能退烧。

社会获得性吸入性肺炎，预后良好。一组报道厌氧性肺炎为主要死因，占4%，7%为诱因。反而医院获得吸入性肺炎，死亡率高达20%。可能与严重的基础疾病和革兰氏阴性厌氧菌的致病性有关。

应用抗生素前肺脓肿的死亡率高达34%，只有50%的患者存活，现在已经下降到5% ~ 12%。