小肚子左右两侧隐隐作痛考虑有以下原因：

1、肠道疾病：如急、慢性肠炎，肠道功能紊乱、肠易激综合征等。病情发作时容易引起腹痛，同时会伴有大便不成形或腹泻等情况。

2、泌尿系统疾病：如输尿管结石。如果结石嵌顿，出现局部炎症，会导致小肚子左右两侧疼痛。可以通过泌尿系统彩超检查明确诊断。

3、女性考虑有妇科炎症，需要进行妇科彩超检查。盆腔炎症、输卵管炎症很容易引起以上症状，同时会伴有腰酸和白带发黄等情况。