做血常规，肝肾功能，尿液分析，骨髓穿刺等化验。头部病变要做脑脊液检查。儿童横纹肌肉瘤没有特异性的血浆或尿液标记物。

免疫组织化学可以使用抗骨骼肌和肌源蛋白的抗体来显示肿瘤中的横纹肌成分。抗脱敏素、多特异性肌动蛋白和肌红蛋白D(肌红蛋白)是最敏感的标志物。波形蛋白、肌红蛋白、肌营养不良蛋白、细胞角蛋白、肌酸激酶M和B、S100和神经特异性烯醇化酶用于进一步的鉴别诊断。肌红蛋白D的表达在肌源性前体细胞转化为肌细胞中起重要作用，但这一过程在横纹肌肉瘤中受到抑制。

通过反转录聚合酶链反应和荧光原位杂交，对横纹肌肉瘤的诊断可达到分子遗传学水平，对治疗有指导意义。2、腺泡横纹肌肉瘤中发现13q35-q14基因位点中断，而胚胎横纹肌肉瘤中在11号染色体上发现肿瘤生长抑制基因。

脱氧核糖核酸(DNA)含量(或倍性)也有一定的诊断价值。Shapiro研究表明，所有胚胎类型都是高倍体，腺泡类型接近四倍体。37例不能切除的横纹肌肉瘤中，8例二倍体儿童全部死亡，而12例多倍体肿瘤中有10例存活(P