免疫缺陷疾病可分为两类，即原发性免疫缺陷疾病和继发性免疫缺陷疾病。

原发性免疫缺陷又称先天性免疫缺陷，与遗传有关，多发生于婴幼儿，如选择性IgA缺乏症、迪乔治综合征、ZAP-70缺乏症、X连锁淋巴增生综合征、慢性皮肤念珠菌病、严重联合免疫缺陷症和慢性肉芽肿病等。

继发性免疫缺陷，也称为获得性免疫缺陷，可发生在任何年龄。其原因包括系统性疾病，如糖尿病、营养不良和艾滋病毒感染。免疫抑制治疗，如细胞毒化疗、移植放疗前的骨髓清除，以及长期慢性疾病，都可能导致继发性免疫缺陷。

在临床诊断中，需要结合人工白细胞分类、免疫球蛋白水平定量检测、抗体滴度检测、血细胞计数等综合判断。