子宫内膜异位症的主要病理改变是异位种植的子宫内膜随卵巢激素的变化而周期性出血。病灶局部反复出血、吸收缓慢，导致周围纤维组织增生粘连，出现紫褐色斑点或囊泡，最后发展为大小不等的实性瘢痕结节或囊肿。子宫内膜异位症大多发生在盐腔，称为盆腔子宫内膜异位症。根据部位的不同，大致可分为卵巢子宫内膜异位症和腹膜子宫内膜异位症。

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卵巢异位子宫内膜病变分为两种:①微小病变:位于卵巢表层的红色、蓝色或棕色斑点或小囊，病变大小仅几毫米，常导致卵巢与周围组织粘连，术中穿刺后流出粘稠的棕色液体。

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典型病理类型:又称囊肿型。子宫内膜异位症生长于卵巢皮质，周期性出血，甚至形成单发或多发囊肿，称为卵巢子宫内膜异位囊肿。通常情况下，旧血积聚在囊肿内形成棕色粘稠液体，呈巧克力状，因此俗称卵巢“巧克力囊肿”。

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腹膜子宫内膜异位症:分布于盆腔腹膜及各脏器表面，以子宫骶韧带、子宫直肠凹及子宫后壁下部浆膜最常见。这些部位处于盆腔的较低或最低位置，与经血中的子宫内膜碎屑接触的机会最多。

腹膜子宫内膜异位症也可分为两种类型:①色素沉着型:典型的蓝紫色或褐色腹膜异位结节，术中容易辨认；②非色素沉着型:是异位子宫内膜的早期病变，较色素沉着型多见，生长活动多，表现多样。