奥硝唑胶囊临床上主要用于一些敏感原虫和厌氧菌的感染，主要用于泌尿生殖系统和妇科常见病的治疗。

主要用于滴虫和阿米巴原虫引起的肠阿米巴和肝阿米巴。包括阿米巴痢疾和阿米巴肝脓肿，也用于贾第虫病。

临床上感染性疾病常用于厌氧菌感染，包括败血症、脑膜炎和腹膜炎。

产后败血症、脓毒性流场等子宫内膜炎，以及敏感菌引起的其他感染，也可用于预防。各种手术后厌氧菌感染。