克罗恩病有实验室检查、影像检查和结肠镜检查。

实验室大便隐血试验常呈阳性，吸收不良综合征患者的粪便排出量增加，吸收功能可能有相应的改变。

影像学改变主要包括X线检查、钡灌肠。结果可见肠粘膜皱襞粗卵，然后有纵行溃疡或裂隙、鹅卵石、假息肉、多发性狭窄或肠壁僵硬、瘘形成等X线征象。病变呈阶段性分布。

由于病变肠段发热、痉挛，钡剂迅速通过而不停留在那里，这时称为跳跃征。钡剂通过快，留下细线阴影，称为线状病。

结肠镜检查是最好的诊断手段。镜下可见节段性、不连续的病变，如纵行性溃疡，溃疡周围粘膜正常，或鹅卵石样增生，肠腔狭窄，炎性息肉，病变肠段间粘膜外观正常。