最重要的鉴别诊断是继发于肾小球性肾病和全身性疾病的肾脏改变。以下是不同类型慢性肾炎的鉴别诊断。

1.慢性肾炎肾病和肾小球肾病的鉴别:大量蛋白尿，高度水肿，低蛋白血症。而肾小球肾病患者，无镜下血尿，一般无高血压和肾功能不全，除非严重水肿可出现暂时性肾功能不全或高血压，利尿消肿后应很快恢复正常。所以，出现显微镜下甚至肉眼血尿，或者持续高血压、肾功能不全者，一般为肾炎，不能确诊为肾病。如果能进一步分析尿蛋白，对诊断更有帮助。肾小球疾病主要表现为高选择性蛋白尿；慢性肾小球肾炎和肾病患者多表现为非选择性蛋白尿。FDP很少出现在肾病的尿液中，但慢性肾炎更常见。此外，大多数肾小球肾炎患者对激素和免疫抑制药物敏感，而慢性肾炎患者对这些药物的反应较差。

2.常见慢性肾炎与慢性肾盂肾炎的鉴别。慢性肾盂肾炎晚期可出现大量蛋白尿和高血压，与慢性肾炎难以鉴别。后者多见于女性，常有尿路感染史。反复尿沉渣检查和尿细菌培养阳性有助于活动性感染性慢性肾盂肾炎的诊断。慢性肾盂肾炎患者肾功能主要受肾小管损害，包括高氯酸中毒和低磷肾性骨病，氮血症和尿毒症较轻，进展缓慢。如果存在不对称的双侧肾损害，静脉肾盂造影、放射性核素肾造影和肾脏扫描对慢性肾盂肾炎的诊断更有帮助。

3.慢性肾炎和狼疮性肾炎的鉴别诊断。狼疮性肾炎的临床表现和肾脏组织学改变与慢性肾炎相似。但红斑狼疮好发于女性，是一种全身性疾病，常伴有发热、皮疹、关节炎等。血细胞减少，免疫球蛋白增加，有狼疮细胞和抗核抗体。血清补体水平下降。肾脏组织学检查显示免疫复合物广泛沉积于肾小球各部位，复合物内IgG免疫荧光染色呈强阳性，即“满堂亮”表现。

4.慢性肾炎高血压类型与原发性高血压的鉴别诊断继发性肾损害肾炎多发生在青壮年，高血压的继发性肾损害发生较晚。病史很重要。先有高血压还是先有蛋白尿，在鉴别诊断中起主要作用。继发于肾损害的高血压患者，尿蛋白量往往较少，持续性血尿和红细胞管型少见。相比之下肾功能的损害更为严重。肾穿刺往往有助于鉴别诊断。发现20%的原发性高血压患者经肾穿刺诊断为慢性肾炎。

5.其他原发性肾小球疾病①隐匿性肾小球肾炎:临床上应与隐匿性肾小球肾炎相鉴别。后者主要表现为无症状血尿和/或蛋白尿，无水肿、高血压和肾功能不全。②感染后急性肾炎:有前驱感染、急性发作的慢性肾炎应与本病相鉴别。两者潜伏期不同，血清补体C3的动态变化有助于区分。另外，疾病转归不同，慢性肾炎无自愈倾向，呈慢性进展，可以区分。

6.其他过敏性紫癜性肾炎、糖尿病性毛细血管动脉硬化、痛风肾、多发性骨髓瘤肾损害、淀粉样变性病累及肾脏等。这些疾病各有特点，诊断慢性肾炎时要排除。

7.阿尔波特综合征常见于青少年，发病年龄多在10岁之前。患者眼睛异常(球形晶状体等。)、耳(神经性耳聋)和肾(血尿、轻中度蛋白尿和进行性肾功能损害)，但该综合征有阳性家族史(多为性连锁显性遗传)。