左心房粘液瘤应首先与风湿性二尖瓣疾病相鉴别。详细的病史可以为鉴别诊断提供一些依据。如果该病无风湿热病史，可呈现一过性昏厥史，且病程一般较短，病情进展较快，特别是在窦性心律的情况下出现体循环栓塞，且无其他病因可查时，应高度怀疑左心房粘液瘤的可能。心尖区舒张期短杂音，而不是舒张期杂音增多，如杂音的性质和强度随体位变化，也可作为鉴别诊断的参考。超声心动图具有特殊的诊断价值。为了术前明确诊断，避免不必要的手术探查，风湿性心脏瓣膜病术前超声心动图检查是完全必要的。右心房粘液瘤应与三尖瓣狭窄、三尖瓣下移、慢性缩窄性心包炎和心肌病相鉴别。在某些情况下，选择性心内血管造影可以显示肿瘤的大小、位置和活性，以进行鉴别。

同时需要对心脏的三种肿瘤进行鉴别诊断，分别是粘液瘤、脂肪瘤和横纹肌肉瘤。病理基础决定了超声表现各有特点，可作为诊断和鉴别诊断的依据。

1.粘液瘤多发生于左心房，但也可发生于右心房和右心室，但左心室少见。粘液瘤有明确的蒂附着在房间隔或房室壁上，蒂薄而短，粘液瘤有脱落的危险。肿瘤具有高活性，并且随着心脏的收缩而变形。大部分是分叶状的。

2.脂肪瘤和粘液瘤的区别在于，它多发生在左心室或心房，流动性小，感觉漂浮。肿瘤边缘光滑，回声强，无分叶。

3.横纹肌瘤发生于心室壁心肌，肿瘤与正常心肌界限清楚。弓形突出到心腔中。