太阳穴两侧疼痛，主要是由于以下原因:

第一，颞下颌关节紊乱。发病时太阳穴两侧会有疼痛，张口或进食时症状加重；

第二，颅内肿瘤。发病时，会出现太阳穴两侧头痛，并伴有恶心、呕吐、视力下降、听力下降、肢体感觉和运动功能障碍等。发病后，经颅内核磁共振检查确诊。

第三，偏头痛。发病时太阳穴一侧或两侧会有抽痛感。