1.鳃裂囊肿应与下列疾病相鉴别

(1)急性颌下淋巴结炎:是婴幼儿的常见病，与较小的鳃裂囊肿继发感染非常相似，容易误诊。鳃裂囊肿继发感染前，有较长的囊肿史。在感染被抗生素控制后，淋巴结变得更小、更结实且更活跃。鳃裂囊肿性感不能动。

(2)颈部淋巴结结核:淋巴结干酪样坏死液化后也呈囊性，常与鳃裂囊肿相混淆。结核性淋巴结炎病灶周围多处淋巴结常发炎，相互粘连，肺部可能有结核病灶。PPD试验强阳性，可以排除鳃裂囊肿。

(3)淋巴管瘤:颈部小淋巴管瘤与鳃裂囊肿相似，但前者常位于颈部后三角，呈囊状感觉，透光试验阳性。b超显示淋巴管瘤多为多房性，鳃裂囊肿为单房性，壁光滑。穿刺抽吸、水样淋巴样淋巴管瘤和无胆固醇结晶可与鳃裂囊肿相鉴别。

(4)甲状腺结节:有时鳃裂囊肿附着于甲状腺外侧叶的上极或渗入甲状腺。核素扫描往往是冷结节，甲状腺功能正常，很难与冷甲状腺结节区分。鉴别诊断应通过囊肿穿刺和抽吸来确定是否存在胆固醇结晶，以及穿刺和抽吸的细胞学检查。

(5)甲状腺导管囊肿:少数偏离颈部中线的甲状舌管囊肿与鳃裂囊肿非常相似。前者随着吞咽上下移动，囊索贴在舌管上，囊的提取液中没有胆固醇结晶。

2.鳃裂瘘管应与下列疾病相鉴别

(1)甲状舌管瘘:少数偏离颈部中线的甲状舌管瘘与鳃裂瘘十分相似，但前者的瘘索与舌骨的连接是可以区分的。

(2)颈部结核性瘘管:局部有反复感染史，病灶周围多个淋巴结肿大并相互粘连，病灶破裂并有奶酪样物质排出，肺部可能有结核病灶，PPD强等。，这样就可以排除鳃裂瘘管的诊断。