肝内胆管结石其实是胆石症的一种，主要是指左右肝管交汇处，以及肝管以上各分支内的结石，也有一般的肝内胆管结石，可以单独存在，也可以与其他地方的结石一起存在。但一般来说，肝内胆管结石主要会和肝外胆管的结石一起出现，只是这样一来，会更容易一起造成胆道梗阻和感染。

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但究竟是什么原因导致了肝内胆管结石的发生，目前尚不清楚。一般主要原因是胆汁淤积在肝内胆管。时间长了，出现肝内胆管结石，出现肝内胆管狭窄。这也是比较。

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容易造成胆汁在肝内胆管内堆积，一般是肝总管的上部和肝管相对狭窄的地方。但一般肝管狭窄的地方容易接近胆管扩张的地方，一般胆管扩张的地方就会出现。

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囊呈圆柱形、纺锤形或哑铃形，容易在其中引起胆汁淤积。这样，一般来说，里面会有彩色的结石，也能找到一些胆汁泥。也可能是因为胆管炎。

其实肝内胆管结石的病因还是比较复杂的，目前还不清楚。但一般认为与肝内胆管本身的一些结构有关，如肝内胆管狭窄。