消化不良发热可以通过药物治疗、物理治疗和饮食调理来治疗。

1.一般可以在医生的建议下服用调节肠道菌群的药物，如益生菌或双歧杆菌，有助于缓解消化不良。同时应用抗感染药物，如阿莫西林颗粒或利巴韦林颗粒，帮助降低急性感染引起的发热。

2.如果发热严重，可以用湿毛巾冷敷额头，有物理退烧的作用。

3.饮食上多喝温开水，可以促进毒素的排出，有助于消化不良和发烧的恢复。