一般消化不良不会直接引起便秘，但两者往往是并存的。

消化不良主要指胃病，便秘主要指肠道疾病。所以两者在器官部位上相距数米，但在临床上却往往是并排存在的症状。

消化不良主要是指胃的病变导致食物没有被彻底消化，称为消化不良；便秘主要是指肠道症状，即排便次数减少，水分减少或排便用力增加。

理论上两者没有直接关系，但一些现象证明两者有关联。比如消化不良的患者经常感染幽门螺杆菌，会引起胃动力障碍。胃动力障碍还可以间接引起肠蠕动障碍，因为肠蠕动的信号依赖于胃作为指令传递给它的信号。因为消化不良的发生，阻碍了信号的传递，所以也可能引起肠道蠕动障碍，引起便秘。