1.大多数病例为亚急性或慢性，少数病例为急性。它可以发生在所有年龄，尤其是20-40岁的年轻人。

2.首发症状常为间歇性头痛、恶心、呕吐，并伴有低热、全身不适、精神萎靡等非特异性症状。随着病情的发展，头痛逐渐变得持续、异常、躁动，严重者有不同程度的意识障碍。

3.其中半数以上伴有颅神经损害，以视神经最常见，其次为第八、三、七、六脑神经。出现偏瘫、惊厥、失语等局灶性脑组织损害的部分症状。

4.脑膜刺激征是早期最常见的阳性体征，晚期可出现眼底水肿和锥体束征。

如果有长期大量使用抗生素、免疫抑制药物和免疫功能低下疾病(如艾滋病、淋巴瘤、白血病、器官移植、亚急性或慢性进行性头痛、喷射性呕吐、颅神经损伤和脑膜刺激征、脑脊液蛋白含量增加、氯化物和葡萄糖减少)的病史，应考虑本病。

临床诊断需要在脑脊液中发现新生隐球菌。由于其检出率受病变部位和病程发展阶段的影响，因此需要反复进行脑脊液墨汁染色、培养或接种动物，以寻找疑似或已反复治疗的脑膜炎的病原体。通常墨汁染色阳性率较低，需要尽早用脑脊液乳胶凝集(LA)或抗原酶联免疫法检测隐球菌抗原，以提高早期诊断率。