此病应与下列疾病相鉴别:

1.脊髓肿瘤中髓外和髓内肿瘤均可引起局限性肌萎缩和节段性感觉障碍。在肿瘤病例中，脊髓灰质中的星形细胞瘤或室管膜瘤分泌蛋白质样液体，积聚在肿瘤上方和下方，使脊髓直径变宽。后柱侧突和神经系统症状可与脊髓空洞症相似，特别是在下颈髓，有时难以区分。然而，肿瘤病例的病程进展迅速，根性疼痛常见，营养障碍罕见。脑脊液中的蛋白质早期升高，可以与此病相鉴别。疑难病例可通过CT和MRI鉴别。

2.颈椎骨关节病可引起上肢肌肉萎缩和长束征，但根性疼痛常见，病变平面明显的节段性感觉障碍少见。颈部造影，必要时脊髓造影和颈部CT或MRI有助于确诊。

3.颈肋可导致手部小肌肉的局限性萎缩和感觉障碍，伴或不伴有锁骨下动脉压迫的证据，由于颈肋常伴有脊髓空洞症，诊断可能会混淆。但颈肋引起的感觉障碍通常局限于手和前臂的尺侧部，触觉障碍比疼痛障碍更严重。上臂肌腱反射不受影响，无长束征。当可以鉴别时，颈部x线摄影也有助于确定诊断。

4.尺神经麻痹可使骨间肌和中间两条地龙肌产生局限性萎缩。但感觉障碍相对较轻、有限，触觉和疼痛感同样受影响，肘后神经通常有压痛。

5.麻风病会导致感觉丧失、上肢肌肉萎缩和手指溃疡。而正中神经、尺神经、桡神经、臂丛干有增粗，干上有散在的色素脱失斑。

6.梅毒可以通过两种方式怀疑脊髓空洞症。在罕见的增生性硬脑膜中，可出现感觉障碍、上肢萎缩、下肢无力和锥体束征，但脊髓造影可显示蛛网膜下腔梗阻，病程进展比脊髓空洞症更快。脊髓骨髓瘤可出现髓内肿瘤体征，但病程进展迅速，梅毒血清反应阳性。

7.肌萎缩侧索硬化(ALS)不容易与脊髓空洞症混淆，因为它不会引起感觉异常或感觉异常。

8.穿刺伤或骨折移位有时可引起髓内出血，与脊髓空洞症聚集在同一脊髓平面，但病史和X线片脊髓损伤证据足以提供鉴别诊断的依据。