发现71型病毒主要引起手足口病，也可引起无菌性脑膜炎、脑干脑炎、类似脊髓灰质炎的麻痹等神经系统疾病。手足口病和中枢神经系统感染是肠道病毒71型感染引起的两种常见临床症状。

人们最早发现手足口病的病原体是柯萨奇a16病毒。后来发现A组的柯萨奇病毒4型、5型、9型、10型都能引起手足口病。自1969年首次分离出肠道病毒71型以来，人们逐渐认识到EV71是手足口病的主要病原体，具有高度传染性，在整个家庭中常见，可引起局部暴发。4至5岁以下的儿童是最常见的患者，成人也可患此病。但病情较轻，全年均可发病，尤其是5、6月份，潜伏期2 ~ 5天。

传播途径不仅仅是粪口传播，还有人与人之间的密切接触。病毒容易在人群密集的地方传播，幼儿园的学龄前儿童是感染的高危人群。

在感染初期，患者表现为低烧、流鼻涕、食欲不振、头痛、呕吐、腹泻等。小疱疹好发于口腔黏膜，常分布于舌、颊黏膜、硬腭、扁桃体、牙龈、咽部。疱疹破溃后形成溃疡。在口腔疾病的同时，皮肤上也会出现斑丘疹，尤其是手和脚。皮疹主要分布在手背和指尖。偶尔看到躯干、大腿、臀部、上臂等。偏心分布的斑丘疹很快变成小疱疹，直径约3 ~ 7mm，质地稍硬。少则几个，多则几十个，2到3天就能自行吸收，不留疤痕。大多数良性过程自愈，但可复发，有时伴有无菌性脑膜炎和心肌炎。

肠道病毒71型的累积性神经系统主要表现为无菌性脑膜炎、脑炎和麻痹性疾病，多发生于5岁以下儿童。1岁以下婴儿发病率高，临床表现多种多样，病情程度不一，如阵挛、呕吐、共济失调、故意震颤、眼球震颤、情感淡漠等。可以通过脑电图或头颅磁共振成像进行诊断。