感染性肠炎，各种细菌感染如志贺氏菌、沙门氏菌可引起腹泻、粘液脓、便血、急性腹泻继而严重腹泻，易与溃疡性肠炎混淆。病原菌可从粪便培养中分离出来，可用抗生素治愈。

阿米巴肠炎的病变主要侵犯右结肠，但也侵犯左结肠。结肠溃疡较深，边缘潜伏，溃疡间黏膜正常。组织溶解阿米巴的滋养体或包囊可通过大便或结肠镜检查找到。血清抗阿米巴抗体阳性，抗阿米巴治疗有效。

血吸虫病有疫水接触史，常出现肝脾肿大。大便检查可发现血吸虫卵，孵化幼虫呈阳性。急性期肠镜可见黏膜黄褐色颗粒。活检粘膜压片或组织病理学检查有助于鉴别血吸虫卵，检测血清血吸虫抗体有助于鉴别。

结直肠癌多见于中年以后。直肠癌患者通过直肠指检常可摸到肿块，肠镜和活检可确诊。值得注意的是，溃疡性肠炎也可能导致结肠癌。

肠易激综合征，大便可有粘液但无脓血，纤支镜检查正常，隐血试验阴性，钙卫蛋白浓度正常，结肠镜检查无器质性疾病证据。