三岁的孩子会头痛，原因如下:

1.中枢神经系统感染主要指病毒或细菌感染。孩子会得脑炎或脑膜炎，表现出头痛的症状。

2.神经痛，发生的概率比较低，主要是枕神经痛和三叉神经痛。

3.癫痫发作，发作时会表现为阵发性头痛。长期发作，需要去医院做24小时动态脑电图监测。

4.偏头痛，孩子一般都有家族遗传史。