1.肠结核肠结核可有腹痛、腹泻或便秘、肿块等。，有时容易误认为肿瘤，但肠结核常伴有发热、盗汗等结核毒血症表现，并常伴有肠外结核。x线钡剂检查显示回盲部有刺激、充盈缺损或狭窄的迹象，而纤维结肠镜检查显示病变处有溃疡、僵硬和狭窄。活检显示干酪样肉芽肿，典型的肺结核。抗结核治疗通常是有效的，这可以与小肠肿瘤相区别。

2.克罗恩病还可表现为腹痛、腹泻、腹部包块、体重减轻、贫血、发热等。x线钡剂造影表现为肠腔狭窄，肠壁僵硬，线状钡影，病变呈节段性分布，尤以末端回肠和右半结肠为多。结肠镜检查显示病变呈节段性分布。两病灶间黏膜完全正常，病灶处黏膜呈卵石状或裂隙状溃疡。例可见慢性肠狭窄和炎性息肉，有时粘膜活检可见非干酪性肉芽肿。以上可以从中分辨出来。

3.真菌性肠炎真菌性肠炎还会引起腹痛、腹泻、体重减轻、吸收不良等。，但一般不会引起肠梗阻、肠穿孔、肠套叠等。鉴定主要靠血清或粪便中的真菌培养或粪便中发现的菌丝或孢子。

4.乳糜泻又称非热带脂肪性腹泻，主要见于儿童和青年人，常有不耐受面食的家族史。鉴别主要依靠粪便脂肪定量测定、各种肠道吸收功能检查、胃肠X线检查、十二指肠黏膜活检等。此外，该病患者的血清醇溶蛋白抗体、肌内膜蛋白、网织蛋白IgA抗体常呈阳性，可通过禁食含醇溶蛋白的饮食后症状迅速缓解来区分。

5.小肠继发性恶性肿瘤常见，黑色素瘤是引起小肠癌最常见的肿瘤，乳腺癌转移至小肠也很常见。其他癌症如宫颈癌、卵巢癌、结肠癌、肾癌等也可通过腹膜后淋巴结直接侵犯小肠或十二指肠。鉴别诊断主要依靠积极的系统检查发现原发癌，如影像学检查(X线、b超、CT等。)和内镜检查加组织活检。如有必要，剖腹手术是可行的。