HBV基因分型比血清亚型更能反映原始病毒株间的天然异质性。根据全基因的核苷酸序列比较，HBV可分为ABCDEFGH的八种基因型。

HBV的基因型在地理上有分布，基因型B在中国南方，基因型C在北方，基因型D只在西部和少数民族地区发现。

HBV基因型与乙型肝炎的进展、临床表现、治疗和预后密切相关。HBV基因型与病毒复制、变异和疾病预后有关。

一些已报道的研究表明，A型容易成为慢性持续性感染，而D型多见于急性肝炎。C型可能与严重的肝病有关，而B型似乎与年轻人的肝癌有关。HBV的基因型与抗病毒效果有关，这也意味着它与感染者的免疫状态有关。