导致肝囊肿的原因有很多。例如，一个人可能有一个囊肿，因为肝脏中有寄生虫。人多的时候非寄生虫性肝囊肿。尤其是先天性囊肿更为常见，最重要的原因是胚胎发育异常。获得性肝囊肿主要是血肿、肝脏的退行性囊肿、肝脏的淋巴囊肿或胆管堵塞引起的潴留囊肿。还有其他囊性腺瘤。

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在干囊肿疾病中，胆管梗阻引起的囊肿最为常见，其本质其实是一种潴留囊肿。原因有很多，比如肝组织发炎，肝脏水肿或有疤痕形成。

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另外，有的患者可能有肝外伤，或者刚做了穿刺检查，最后留下了疤痕，久而久之就造成了囊肿。被寄生虫尤其是棘球蚴感染后，容易引起肝囊肿，是本病的常见病因。

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其实所谓的肝囊肿，其实是一种类似于囊泡的物质，内部是透明的。而且囊肿会不断变大，可能一次一个，也可能一次几个甚至几十个。囊肿直径约两毫米，最大的可达几十厘米。

约90%的肝囊肿是由先天性原因引起的，绝大多数患者不需要治疗。只有后天原因引起的肝囊肿，如肝外伤或肝脏炎症，才需要积极治疗。