原发性骨淋巴瘤临床表现多样，一般只有局部病变，无全身症状。许多患者报告局部骨痛、皮肤肿胀、活动障碍或触摸肿块，呈进行性增大，少数患者出现病理性骨折。每个病例的临床表现、病情严重程度和病程差异较大，大多与病变部位、疾病分期和并发症有关。

骨痛是最常见的临床表现。大多数患者仅表现为由于骨骼系统的浸润而引起的单纯性骨痛。约1/3的患者有两处或两处以上病变，1/3的患者只有一处病变。有些病人表现为骨痛，但也有局部软组织的肿胀和疼痛。仍有少部分患者在骨骼病变前有局部软组织改变。

长骨是病变最常见的部位。最常见的部位是股骨、髂骨、椎骨、上颌骨、肋骨、下颌骨等。

本病临床表现无特异性，可怀疑为局部骨痛，周围软组织肿胀，或局部触及肿块，易发生病理性骨折的患者。骨骼扫描呈阳性，核磁共振显示有占位性病变。骨活检前应考虑原发性骨淋巴瘤的可能性，以便取足够的材料进行病理检查。需要病理活检才能确诊。但手术活检会增加病理性骨折的可能性。大多数原发性骨淋巴瘤的特征为IE期(60%)和IV期(40%)。