卵巢早衰的原因很多，目前部分患者的病因还不是特别清楚。但不管是什么原因，一般来说，都会导致卵巢内卵泡池的储备减少或卵泡引导功能障碍，进而导致卵巢早衰。在一些工业化国家，卵巢早衰的发病率很高。另外，长期在电脑前工作的女性，卵巢早衰的发生率会非常高。从事放射相关工作的女性也容易出现卵巢早衰。

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许多卵巢早衰的女性从未生育过。为什么这样的女性也会出现卵巢早衰？其实怀孕对于抵抗卵巢早衰是有一定作用的。如果不在生育年龄生育，更容易出现卵巢早衰。此外，一些女性可能会因为乳腺癌或子宫癌而诱发卵巢早衰。

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遗传可能导致卵巢早衰。大约20%的患者直系亲属经历过卵巢早衰。一些物理或化学原因会导致卵巢早衰，如放疗、化学药物等。

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卵巢早衰(POF)与机体的代谢因素有关。例如，有些人患有半乳糖血症。这类患者可出现乳糖代谢紊乱，进而间接诱发POF。新陈代谢不好的人，体内会积累大量的代谢产物，可能会对卵巢实质造成损伤，从而引起卵巢早衰。

卵巢早衰的部分原因是自身免疫功能的缺陷。比如有的人会因为免疫缺陷而患上甲状腺疾病，导致甲状腺分泌功能衰竭，进而导致卵巢早衰。