闭经的原因很多，根据功能障碍的部位可分为下丘脑性闭经、垂体性闭经、卵巢性闭经、子宫性闭经和生殖道发育不良性闭经。下丘脑性闭经是中枢神经系统器质性疾病引起的闭经。是控制下丘脑分泌的各种应激因素引起的闭经，如果及时治疗是可以逆转的。垂体性闭经是由垂体疾病引起的Gn分泌减少引起的。卵巢闭经是由卵巢本身引起的，包括先天性性腺发育不全、酶缺乏、卵巢抵抗综合征和各种原因引起的获得性卵巢功能低下。

性闭经分为先天性闭经和获得性闭经。先天性闭经的主要原因是雄激素不敏感综合征。而获得性闭经主要是由于子宫感染和外伤导致宫腔粘连而闭经。次于发育异常闭经，包括宫颈闭锁、阴道隔、阴道闭锁、处女膜闭锁。宫颈闭锁通常由先天性发育不良和后天性宫颈损伤后粘连引起，常导致宫腔和输卵管积血。一些雄激素水平升高的疾病和甲状腺疾病也会引起女性闭经。

部分闭经患者在排除病因后可恢复正常月经，如神经精神因素引起的经正常心理疏导后可恢复正常月经。营养不良、饮食过度的闭经患者，在调整饮食、加强营养后，也可恢复正常月经。青春期和成人雌激素减少引起的闭经用雌激素或孕激素治疗。根据闭经原因的不同，针对性的内分泌药物治疗可以纠正体内激素水平，从而达到治疗的目的。