组织学上，颗粒细胞瘤、转移性小细胞癌和恶性淋巴瘤容易与此肿瘤混淆。

1.颗粒细胞瘤:肿瘤细胞比此瘤大，有核沟，有明显的纤维瘤样和卵泡膜瘤样成分。颗粒细胞瘤与此瘤的Aguirre免疫组化染色比较，前者EMA全部为阴性，而后者有1/3为阳性。前者全部阳性，后者1/2阳性。该肿瘤超微结构中独特的RER囊也有助于鉴别它们。由于卵巢小细胞癌和颗粒细胞瘤的鉴别诊断比较困难，以下临床和病理鉴别诊断要点(表1)供参考。

2.转移性小细胞癌:宫颈和子宫内膜小细胞癌的组织学与肺小细胞癌(燕麦细胞癌)相同。光镜下胞浆内存在嗜银颗粒，电镜下超微结构内存在带膜的致密颗粒(神经内分泌颗粒)，称为神经内分泌肿瘤(APUD肿瘤)(Ibrahim，1984；Kunlar，1984；年轻，1985；格塞尔，1988年).然而，在原发性卵巢小细胞癌中，除个别肿瘤中有少数致密颗粒外，没有神经内分泌肿瘤。

3.恶性淋巴瘤淋巴细胞标记特异性抗体的免疫组织化学染色和电镜观察。都和这个肿瘤不一样。